Airlines müssen für Flugstrecken außerhalb der Flughafennahbereiche eine Streckengebühr an diejenige Flugsicherungsorganisation bezahlen, deren Luftraum sie durchfliegen. Je nach Flugstrecke kann eine Airline dabei die Lufträume mehrerer Flugsicherungsorganisationen durchfliegen. Deren Streckengebühren sind in Europa unterschiedlich hoch. Deshalb zahlen Airlines in Europa ihre Streckengebühren an Eurocontrol, die in einem Clearing-Verfahren die Gebührenanteile unter den europäischen Flugsicherungsorganisationen aufteilt.
Mit den Erlösen finanzieren die jeweiligen Flugsicherungsorganisationen nicht nur ihre eigenen Kosten, sondern auch die Kosten der nationalen Aufsichtsbehörden (in Deutschland das Bundesaufsichtsamt für Flugsicherung, BAF) und die Kosten der Wetterdienste (in Deutschland der Deutsche Wetterdienst, DWD). Auch die Kosten für das Kontrollzentrum für den oberen Luftraum in Maastricht (MUAC) werden aus diesen Erlösen bestritten.
Die Streckengebühren werden im Rahmen einer europäischen Regulierung ermittelt. Für einen Fünfjahres-Zeitraum müssen die EU-Mitgliedstaaten sogenannte Leistungspläne an die EU-KOM einreichen. Erfüllen die nationalen Leistungspläne die Zielvorgaben der EU, dann werden sie von der EU-KOM genehmigt. Die tatsächliche Gebührenhöhe richtet sich nach den nationalen Gebührenraten pro Dienstleistungseinheit; der Streckenlänge im jeweiligen nationalen Luftraum und dem höchstzulässigen Abfluggewicht des Flugzeugs.
Damit können für einen Flug von A nach B unterschiedliche Streckengebühren anfallen, je nachdem, welche Flugstrecke eine Airline wählt. Die deutsche Streckengebühr liegt im europäischen Vergleich im oberen Mittelfeld. Von einer günstigen deutschen Streckengebühr profitieren vor allem Fluggesellschaften mit hohen Streckenanteilen über Deutschland.
