Das Luftsicherheitsgesetz nennt in seinem § 2 den Begriff „Die Luftsicherheitsbehörde“. Der Schutz vor Angriffen auf die Sicherheit des Luftverkehrs (§ 1 LuftSiG) ist Aufgabe der Luftsicherheitsbehörde (§ 2 LuftSiG). Welche Behörde damit genau gemeint ist, sagt das Luftsicherheitsgesetz jedoch nicht. Dies liegt daran, dass es DIE Luftsicherheitsbehörde nicht gibt. Vielmehr verbirgt sich hinter dem Begriff „die Luftsicherheitsbehörde“ im Sinne des § 2 LuftSiG ein funktionaler Begriff. Damit sind alle Behörden eine Luftsicherheitsbehörde, die Aufgaben einer Luftsicherheitsbehörde wahrnehmen.
Die Aufgabenzuweisung orientiert sich an den allgemeinen Zuständigkeiten in der Luftfahrt. Typischerweise sind alle „Aufsichtsbehörden“ für ihren eigenen Zuständigkeitsbereich gleichzeitig auch Luftsicherheitsbehörde. Dies führt gerade im föderalen Deutschland zu einer großen Zersplitterung der Zuständigkeiten, selbst innerhalb eines Bundeslandes.
Die Oberste Luftsicherheitsbehörde des Bundes ist das Bundesministerium des Innern und für Heimat (BMI). Als federführendes Bundesressort ist es u.a. gem. §§ 17, 17a LuftSiG zum Erlass der untergesetzlichen Vorschriften zur Luftsicherheit zuständig. Daneben ist auch das Bundesministerium für Digitales und Verkehr (BMDV) als eine mit Aufsichtsaufgaben über das Luftfahrt-Bundesamt (LBA) betraute Luftsicherheitsbehörde des Bundes.
Zu den Luftsicherheitsbehörden zählen auch die Bundespolizei (BPOL), welche u.a. für die Aufsicht über die Passagier- und Gepäckkontrollen in der Luftfahrt zuständig ist, und das LBA, welches u.a. Luftsicherheitspläne von Luftfahrtunternehmen oder Beteiligten der sicheren Lieferkette genehmigt und deren Einhaltung überwacht.